La creciente participación de los países con actividad antártica, el incremento del turismo y la actividad pesquera fueron generando mayor preocupación por sostener el ambiente antártico. El 4 de Octubre de 1991 se firma en Madrid el Protocolo sobre Protección Ambiental anexo al Tratado Antártico (conocido como Protocolo de Madrid) y entra en vigor en 1998, incluye los siguientes anexos:

• Anexo I Evaluación del Impacto sobre el Medio Ambiente (1991)
• Anexo II Conservación de la Fauna y Flora Antárticas (1991)
• Anexo III Eliminación y Tratamiento de Residuos (1991)
• Anexo IV Prevención de la Contaminación Marina (1991)
• Anexo V Protección y Gestión de Zonas (1991)
• Anexo VI Responsabilidad Derivada de Emergencias Medioambientales (2005)

Este Protocolo ha generado importantes cambios en el STA y su funcionamiento, establece la protección global de la Antártida y los ecosistemas asociados, ampliando el área del Tratado Antártico y de la CCRVMA (al Sur del paralelo 60°S y la convergencia de aguas antárticas respectivamente) utilizando aquellos ecosistemas vinculados a la Antártida. Al mismo tiempo ocurría el malogrado debate sobre la actividad minera en la Antártida, su utilizó el enfoque precautorio para la conservación ambiental. Asimismo consagra a la Antártida como una reserva natural consagrado a la paz y la investigación científica.

El CPA se estableció de acuerdo con el Artículo 11 del Protocolo sobre Protección del Medio Ambiente. El Artículo 12 establece sus funciones consistendo en “proporcionar asesoramiento y formular recomendaciones a las Partes en relación con la aplicación de este Protocolo, incluyendo el funcionamiento de sus Anexos, para que sean consideradas en las Reuniones Consultivas del Tratado Antártico”.

El CPA tiene un Plan Quinquenal establecido por los lineamientos centrales:

• Gestionar riesgos asociados con las especies no autóctonas de la Antártida.
• Gestionar el impacto medioambiental del turismo y de las actividades no gubernamentales.
• Comprender las consecuencias ambientales del cambio climático en la región antártica y responder ante ellas.

El Comité de Protección Ambiental surgido desde la entrada en vigencia del Protocolo de Madrid es quién recomienda estas prohibiciones a la RCTA. La prohibición de las actividades gubernamentales no se ha dado en forma mandatoria pero existen casos de no aprobación de proyectos por parte del Comité de Protección Ambiental para la construcción de bases antárticas propuestas por algunos países que debieron revisarse durante varios años o cambiar la locación.

El Protocolo de Madrid se ve como un instrumento del Derecho Ambiental superior a muchas normativas vigentes en materia de protección y conservación de un continente, los océanos que lo circundan dentro del Área del Tratado Antártico y la convergencia de las aguas antárticas y los ecosistemas asociados. Los conceptos precautorios, la evaluación de impacto ambiental y el manejo de zonas protegidas junto a las áreas marinas protegidas, marcan principios claves en políticas y legislaciones ambientales.